Suomen Ympäristökeskus on seurannut valtakunnallisesti vuodesta 2008 lähtien maa- ja metsätalouden hajakuormituksen vaikutuksia vedenlaatuun ja vesien ekologiseen tilaan yli sadan järvi- ja jokikohteen muodostaman ns. MaaMet-seurantaverkon avulla. EU:n vesipuitedirektiivi edellyttää vesistövaikutusten seurantaa, jos maankäytön aiheuttama hajakuormitus muodostaa merkittävän riskin sille, että hyvän ekologisen tilan ympäristötavoitetta ei saavuteta. Myös Paimionjoki kuuluu tähän seurantaverkostoon ja mittauspisteet sijaitsevat Paimiossa Vanhan Turuntien sillan kohdalla, Koskella Tl Raunion sahalla ja Patakosken kohdalla sekä Somerolla Hovirinnankoskella ja Painio-järvellä. Yhtenäistä muutosta vedenlaadussa ja ekologisessa tilassa ei seurantajaksolla 2008–2020 havaittu ja tästä päätellen ovat vesiensuojelutoimet todennäköisesti olleet riittämättömiä ja huonosti kohdennettuja. Tämä ei kuitenkaan saisi lannistaa toimijoita, sillä jo tehtyjen toimien vaikutukset näkyvät pitkällä viiveellä. Kohdentamiseen on kuitenkin syytä paneutua yhä paremmin, sillä voimia ja resursseja ei kannata käyttää tehottomasti. SYKEn seurantaraporttiin pääset tutustumaan täällä.
Hyvä esimerkki huonosta kohdentamisesta ovat maatalouden suojavyöhykkeet. Parhaimmat hyödyt suojavyöhykkeistä saadaan kaltevilla tai tulvaherkillä vesistöihin rajoittuvilla peltolohkoilla. Kun Varsinais-Suomen ELY-keskus laski toteutumisprosentteja perustuen vuonna 2015 toteutuneisiin suojavyöhykkeisiin, todettiin että Paimionjoen valuma-alueella perustetuista suojavyöhykkeistä vain 22 % sijoittui kohteisiin, joissa suunnitelman mukaan suojavyöhyke olisi erittäin tarpeellinen tai vähintään tarpeellinen. Suojavyöhykesuunnitelmaa ei ole siis nykyisellään otettu riittävästi huomioon suojavyöhykkeiden kohdentamisessa ja suojavyöhykesuunnitelman täydellinen toteuttaminen vaatisi myös suojavyöhykkeiden määrän lisäämistä. Vesienhoidon tavoitteiden saavuttamiseksi kaikille suojavyöhykkeiden yleissuunnitelmissa merkityille kohteille pitäisi perustaa suojavyöhyke. (Lähde: Varsinais-Suomen Ely-keskuksen tiedote 26.8.2016). Vuonna 2023 alkavalla uudella tukikaudella suojavyöhykkeiden kohdentamista tullaan todennäköisesti parantamaan.
Koska Paimionjoki virtaa eroosioherkällä savikkoalueella ja peltojen osuus kokonaispinta-alasta on suuri, on aivan selvää, että joen ravinnekuormituksesta suurin osa tulee pelloilta. Jonkin verran valumia tulisi pelkästään maaperän tyypin takia ilman ihmistoimintaakin, mutta pääosa maatalouden vesistövaikutuksista on seurausta etenkin vuotuisista lannoituksista ja maanmuokkauksesta. Näitä toimia on kuitenkin välttämätöntä tehdä, jos pelloilta mielitään saada satoa. Ratkaisujen löytäminen on koko yhteiskunnan asia, ei yksin viljelijöiden.
Monitieteellisessä Samassa vedessä -hankkeessa on tuotettu politiikkasuositukset, miten maatalouden ravinnetietovaranto saataisiin tukemaan vesistönsuojelua ja Itämeren tilaa. Napakan politiikkapamfletin voit lukea täältä.
Ympäristöministeriö hallinnoima Vesiensuojelun tehostamisohjelma etsii keinoja maatalouden ravinnekuormituksen vähentämiseen. Ohjelman sisältöön pääset tutustumaan täältä. Ohjelmasta rahoitetaan esimerkiksi maanparannusaineisiin liittyviä toimia. Vuoden 2021 lopussa valmistui ProAgrian hankkeessa julkaisu nimeltä Kipsi, kuitu ja rakennekalkki - opas viljelijöille.